7 липня 2013 року, в річницю трагедії в Кримську, за Божественною літургією в храмі Різдва Іоанна Предтечі в Іванівському м. Москви, Патріарх Московський і всієї Русі Кирил підніс особливу молитву за упокоєння душ спочилих приснопам`ятних рабів Божих, жителів Кримська та інших населених пунктів Кубані, «що від раптового нашестя водної стихії і потоплення померли».
У ніч з 6 на 7 липня 2012 року в Краснодарському краї сталася руйнівна повінь, викликана сильними опадами. Було затоплено понад 7 тис. житлових будинків, з них майже 5 тис. у Кримську. Загинуло понад 150 людей, переважно — у Кримському районі. З першого дня трагедії церква активно включилася в роботу з подолання наслідків стихії та надання допомоги потерпілим.
На квітень 2013 року на рахунок Синодального відділу з церковної благодійності надійшло пожертвувань на суму понад 50 мільйонів рублів. Із загальноцерковних коштів, зібраних з благословення Патріарха Кирила, постраждалим були куплені 3 квартири, 4 будинки, 5 постраждалим надано фінансову допомогу в купівлі житла, також за 34 заявками від постраждалих оплачено ремонтні роботи житлових приміщень. Під час надання допомоги пріоритет віддавався самотнім старим, багатодітним сім`ям та інвалідам.
Після трагедії Патріарх Кирил двічі побував у Кримському районі. Перший раз Предстоятель Руської церкви відвідав Кримськ 23 липня 2012 року. Святіший Владика звершив молебень і літію в храмі Архангела Михаїла, відвідав Казанський храм, зустрівся з волонтерами, оглянув будинки, що зазнали удару стихії, поспілкувався з родичами загиблих і постраждалими мешканцями міста. Під час другого відвідання міста 21 квітня 2013 року Патріарх звершив Божественну літургію в храмі Архангела Михаїла і відвідав житла городян, яким церква надала допомогу після повені.
