Діяльність цього Московського митрополита припала на непростий час правління Івана Грозного. Саме за викриття злодіянь царських опричників прийняв мученицьку смерть святитель Філіп (Количев). В присутності убивці митрополита - Малюти Скуратова-Бєльського - тіло архіпастиря було поховано в Тверському Отроч-Успенському монастирі за вівтарем храму.
Через 22 роки мощі пастиря були перевезені на Соловки і покладені в церкві святих Зосима і Саватія. У 1652-му році цар Олексій Михайлович, порадившись з патріархом Іоасафом, вирішив перенести мощі праведника в Москву. У липні того ж року мощі митрополита Філіпа були урочисто покладені в срібну раку в Успенському соборі Московського Кремля.