У 1425 році обитель була розорена турками. Ченці були вбиті. У цей час Єфрема в монастирі не було.
Повернувшись, він поховав убитих побратимів і продовжив свій подвиг. Через рік турки схопили Єфрема і стали жорстоко катувати, вимагаючи зректися Христа і показати місце, де заховані скарби монастиря.
Після восьми місяців тортур, так нічого і не добившись, турки розіп`яли Єфрема на дереві вниз головою і проткнули його палаючою головешкою. Це сталося 18 травня 1426 року.
Останки подвижника були знайдені лише в 1950 році ігуменею Макарією під час відновлення обителі. Тоді ж Господь відкрив матінці, кому належать ці мощі.