Але в 1515 році він опинився в татарському полоні. Сподіваючись на Господа, майбутній святитель жив там три роки. Звільнившись, прийняв чернечий постриг у Спаському Андроніковому монастирі в Москві. Про його добропорядне життя стало відомо митрополиту Московському Макарію, який звів праведника у сан ігумена Миколо-Пешношского Мефодіевой пустелі.
Коли в Казані відкрилася нова єпархія, в числі місіонерів був і Варсонофій. У 1567 році святий продовжив своє служіння Церкві, цього разу вже в сані єпископа.