Майбутній святитель народився близько 1482 року в Москві в сім'ї благочестивих батьків. При хрещенні він був названий в ім'я Архістратига Михаїла. Відомо, що батька його звали Леонтій. Батько Михайла, очевидно, незабаром після народження сина помер. Мати його згодом прийняла чернечий постриг з ім'ям Єфросинія.
Вирішивши обрати для себе чернечий шлях, юнак вступає послушником у Різдва Богородиці Пафнутієво-Боровський монастир. При постризі він був названий на честь знаменитого православного аскета-пустельника преподобного Макарія Єгипетського.
Майбутній святитель поступив в монастир преподобного Пафнутия після того, як Йосиф Волоцький його покинув. Тим не менш вплив ігумена волоцького на майбутнього митрополита досить великий.
У 1523 році Макарій став ігуменом Лужецького Богородицького монастиря в Можайську. У 1526 році він був висвячений на архієпископа Новгородського і Псковського. Новгородська кафедра до цього часу вдовувала сімнадцять років.
Багаторічна відсутність єпархіального владики не кращим чином позначилася на стані справ. Необхідні заходи були спрямовані на реалізацію рішень соборів 1503-1504 років. Було заборонено спільне проживання в монастирі іноків та інокинь. У жіночих монастирях ігумени були замінені на ігумень. Служити в жіночих монастирях було наказано білим священикам. Світські особи, які проживали при монастирях, звідти були видалені. Будучи послідовним прихильником сильного монастирського господарства, новий архієпископ доклав чималих зусиль для переводу новгородських монастирів на чернецький статут.
Багато уваги владика приділяє реставрації старовинних ікон і храмів, в Софійському соборі були поновлены фрески. Тут же, в Новгороді була зроблена перша спроба зібрати воєдино всі книги «які читалися в землі руській», перша редакція знаменитих «Макарієвих міней». У звід входили як житія святих, так і дидактичні та богословські твори. У 1541 році всі дванадцять томів зводу були передані в бібліотеку Софійського собору.
Святитель Макарій був возведений на митрополичий престол 19 березня 1542 року. В цьому сані Макарій змінив скинутого митрополита Іоасафа.
У 1547 і 1549 роках святитель скликає в Москві два собори, на яких була проведена велика робота по канонізації руських святих. В зв'язку з прославленням нових святих під керівництвом митрополита була проведена велика робота щодо складання житій.
При ньому, у 1551 році, відбувся знаменитий Стоглавий Помісний Собор Руської православної церкви.
3 грудня 1563 року митрополит Макарій сповіщав царя, що за неміччю має намір залишити митрополію і «піти на самотнє житіє» на місце свого постриження в Пафнутієв монастир. Государ разом із спадкоємцем з'явилися на митрополиче подвір'я і благали його не залишати митрополії.
Тільки 21 грудня він дав згоду залишатися на кафедрі, але через 10 днів, в останній день 1563 року владика Макарій помер.
1 січня відбулося його поховання в Успенському соборі.
Тропар
Яко великим пастырем единонравна и учителем вселенныя единомысленна, Божия Премудрости служителя изрядна, иже блаженству тезоименита, днесь, вернии, вси воспоим: Христа Бога моли, святителю Макарие, умирити мир и спасти души наша.