Іоанн був сином священика Захарії і праведної Єлизавети — літньої безплідної пари. Як оповідає євангеліст Лука, архангел Гавриїл, з'явившись його батьку Захарії в Храмі, сповістив про народження в нього сина і зауважив, що «його народженню багато-хто втішаться, бо він буде великий перед Господом; не буде пити вина та п'янкого напою, і Духа Святого сповниться ще з утроби своєї матері» (Лк.1:13-17).
Захарія висловив недовіру ангелу, і за це той покарав його німотою. Після того, як Діва Марія дізналася, що її родичка Єлисавета чекає дитину, вона прийшла відвідати її і «коли Єлизавета почула привітання Марії, кинулась дитина в утробі її; і Єлисавета сповнилася Святим Духом» (Лк.1:41). Таким чином своєї матері Іоанн передбачив месію, ще будучи в утробі.
Згідно з Євангелієм, народження відбулося на півроку раніше Ісуса, його родича. Батько Іоанна все ще залишався німим, і коли Єлисавета побажала дати синові вказане ангелом нетрадиційне для своєї родини ім'я Іоанн, родичі зажадали від батька підтвердити його письмово. Попросивши ж табличку, написав: «Іван ім'я йому». І всі дивувались. І зразу розв'язалися уста його і язик його, і він став говорити, благословляючи Бога. І був страх на всіх, що живуть навколо них; і розповідали про все це по всій нагірній країні Юдейській. Усі, хто чув, положили у серці своїм та казали: що дитина се буде? І рука Господня була з ним. (Лк.1:63-66)
Після Різдва Господа нашого Ісуса Христа і поклоніння пастирів та волхвів безбожний цар Ірод наказав знищити всіх немовлят. Почувши про це, свята Єлисавета втекла зі своїм сином у пустелю і довгий час переховалася в печері.
Святий Захарія перебував в Єрусалимі, і як священик виконував своє служіння в храмі. Ірод послав до нього воїнів з наказом, аби він відкрив місцеперебування немовляти Іоанна і його матері. Захарія відповів, що це йому невідомо, за що був убитий прямо в храмі.
Праведна Єлизавета з сином продовжувала жити в пустелі і там померла. Отрок Іоанн, що охоронявся Ангелом, знаходився в пустелі до того часу, як вийшов на проповідь про покаяння і сам сподобився хрестити Господа, що прийшов у світ.
