Преподобний народився в селі Кудинові, поблизу Боровська в сім'ї наверненого татарина Мартіна і його дружини Фотинії і в хрещенні був названий Парфенієм.
У 1414 році Парфеній прийняв постриг з ім'ям Пафнутій у Покровському монастирі на Високому і згодом був послушником у Микити Серпуховського — учня преподобного Сергія Радонезького.
Сам Пафнутій згодом став учителем і наставником для іншого відомого церковного діяча Йосифа Волоцького.
Чернечий подвиг святого Пафнутія тривав більше 63 років.
Про його життя збереглося два літературних документа, написаних учнями: «Житіє преподобного Пафнутія Боровського» Вассіана Саніна, єпископа Ростовського, і «Сказання про смерть преподобного Пафнутія Боровського» старця Інокентія.
Подвижник був канонізований Макаріївським собором в 1547 році.
Тропар
Жития светлостию просветив твое отечество, в молитвах и постех дарований Божественнаго Духа исполнился еси, и, во временней сей жизни добре подвизався, милость благоутробия всем скорбящим отверзл еси, и нищим был еси заступник. Тем молим тя, отче Пафнутие, моли Христа Бога, да спасет души наша.